En los primeros meses de la guerra, Altolaguirre pierde a dos de sus hermanos, Luis y Federico. Colabora con El Mono Azul y dirige el Teatro Español. Se traslada a Valencia, donde a partir de 1937 se encarga de imprimir la revista Hora de España. Para el Congreso Internacional de Escritores Antifascistas pone en escena Mariana Pineda, de Lorca, edita Poetas en la España leal y también imprime libros de Octavio Paz, Juan Marinello y Nicolás Guillén. En el verano de 1938, como soldado del XI Cuerpo del Ejército del Este, imprime la hoja literaria Granada de las letras y las armas, al que luego seguirá Los Lunes de El Combatiente. En las últimas semanas de la guerra imprime Cancionero menor para los combatientes, de Prados; España en el corazón, de Neruda, y España, aparta de mí este cáliz, de Vallejo. Sale de España por los Pirineos e ingresa en un campo de concentración donde sufre una crisis nerviosa.