En México D. F., instalados en el Edificio Ermita del barrio de Tacubaya, Altolaguirre consiguió el puesto de regente de un taller tipográfico de la Secretaría de Educación Pública. Pero no tardó en realizar sus propias ediciones. Con antologías de la poesía de san Juan de la Cruz, Lope de Vega, Luis de Góngora y Quevedo, dio inicio a una nueva colección, «Aires de mi España». Mientras tanto fue publicando poemas, notas y ensayos en revistas mexicanas como El Hijo Pródigo, Cuadernos Americanos, Hoy y América.

En marzo de 1944 Altolaguirre decidió abandonar a Concha Méndez e irse a vivir con María Luisa Gómez Mena, quien había llegado de La Habana poco tiempo antes. Tras unos días pasados en Taxco, en el Estado de Guerrero, se instalaron en Tepoztlán, en el valle de Cuernavaca. En abril de 1944 Altolaguirre publicó una antología de su obra que por primera vez incluía versos del exilio: Poemas de Las islas invitadas. Se anunció como suplemento de la revista Litoral, que, dirigida por Altolaguirre, Prados, José Moreno Villa, Juan Rejano y Francisco Giner de los Ríos, entonces disfrutó de una breve resurrección.

Con el apoyo de Gómez Mena, Altolaguirre estrenó imprenta en enero de 1945. Bajo el sello general de Ediciones Isla salieron cuatro colecciones, con sus autores correspondientes: «Los clásicos» (Garcilaso, fray Luis de León), «El siglo de oro» (Lope de Vega, Cervantes y Ruiz de Alarcón), «Los románticos» (Zorrilla) y «Los modernos» (Bécquer, Galdós, Darío, Arniches, Unamuno, Lorca, Bergamín). Fuera de colección se editaron obras de José Moreno Villa, José Manuel Gallegos Rocafull y Elías Nandino. Altolaguirre también publicó un breve poemario propio: Nuevos poemas de Las islas invitadas (1946), con versos inspirados en su relación con Gómez Mena.

En el mes de febrero Gómez Mena decidió marcharse a La Habana. La relación con Altolaguirre parecía haberse acabado. En el mes de abril cerró la Editorial Isla. Fueron tiempos muy difíciles para el poeta que, sin embargo, apoyado ahora por el impresor Roberto Barrié, logró editar una importante antología, Presente de la lírica mexicana, así como dos cuadernos de su revista Antología de España en el Recuerdo. Entre 1947 y 1948 el poeta se mantuvo con trabajos periodísticos y otros relacionados con el mundo del cine. A la inesperada reconciliación con María Luisa Gómez Mena, ocurrida en el verano de 1948, le siguió la publicación de Fin de un amor (1949), tal vez la colección más importante que Altolaguirre escribiera después de la guerra. En ella reunió los poemas escritos antes y después de la ruptura de su relación con su esposa cubana.